前作の舞台より遥か北方に位置するグランス島。盗賊のジッポはとある古代遺跡の探索中、何かの封印を誤って解いてしまう。それは遥か古の時代に封印された魔王ゼオンとその軍団の復活に関わるものだった。一方、グランシール王国に暮らす少年ボウイは、一人前の剣士を目指し賢者アストラルの下で修行に励む日々を送っていた。ある日、グランシール王に異変があったとの報を受け、城へ急行するアストラル。興味本位でその後をつけたボウイ達はそこで偶然魔王軍の尖兵の復活を目撃してしまう。その後、友好関係にあった隣国ガラムが突如としてグランシールへの侵攻を決定。ボウイ達はガラム軍との、そして魔王の軍勢との戦いに巻き込まれていくこととなる‥‥。