アルゴル太陽系は、かつて華やかな文明が栄え、人々は繁栄と享楽を謳歌していたが、惑星管理システム「マザーブレイン」の崩壊とともに、その文明はもろくも崩れ去った。それから1000年。第2惑星モタビアでは、現在も危険なモンスターがそこかしこに発生し、それを狩ることを生業とするハンターと呼ばれる者たちの存在もすでに日常の光景となっていた。そんなある日、名ハンターと誉れ高いライラとその弟子にして新米ハンターのルディに、モタビア･アカデミーから仕事の依頼が舞い込む。早速アカデミーへ向かった2人だったが…。