原是生驹屋少主的山冈百介（关俊彦 配音），因着迷于奇闻怪谈而放弃了祖业，成为一个云游四方的作家，收集各种怪谈故事撰写《巷说百物语》。在一个雨夜，他遇到了一个神秘的三人组：擅长骗术的御行师——又市先生（中尾隆圣 配音），擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐（小林沙苗 配音）以及擅长鸟寄的模仿师——长耳先生（若本规夫 配音）。他们行踪飘忽，随时出现又随时消失，他们现身之处往往流传着神秘诡异的灵异事件。因缘巧合之下，百介跟随他们进入了黑暗世界中，见证了一系列诡异的事件。而这些怪谈故事，也就为他撰写《百物语》提供了素材。
百介所经历的种种事件中，里面的“鬼怪”往往是日常生活中扭曲的人性所变成的。三人组用他们独有的手段将那些人性罪恶暴露于人前。