《口袋妖怪绿宝石》在前作的基础上增加了全新的故事主线，将会融合Magma队和Aqua队两条故事主线，并且加入了七个战斗主题公园的全新故事情节，包括“BattleDome”和“BattleTube”。游戏中有大量新区域可以探索，当然也会加入全新的敌人和比赛。甚至游戏主角也经过全新设计。与前作一样，《绿宝石》也将支持GBA无线适配器可以进行多人战斗和怪物交换。