《日本政治思想史研究》致力于寻找日本思想史自身的现代性资源，从而打破日本的近代化是由西方引起、日本的近代性思想也是西方影响的产物的通说。同时，在朱子学被视为封建腐朽的意识形态的日本学术界，丸山真男的这种新鲜的视角无疑为审视朱子学提供了新的可能性。