征暦1935年。専制君主国家・東ヨーロッパ帝国連合（通称「帝国」）と共和制連邦国家・大西洋連邦機構（通称「連邦」）との間に第二次ヨーロッパ大戦が勃発。そして、両国に挟まれた武装中立国である小国・ガリア公国も戦禍に巻き込まれていく。ガリア公国は燃料や兵器、治療目的で使われる鉱物資源・ラグナイトを豊富に産出するため、連邦との戦争を優位に進めることを目論む帝国に侵攻される事となり、後にガリア戦線と呼ばれる戦いが幕を上げる。ガリア公国に住む大学生ウェルキン・ギュンターは、故郷ブルールに帰郷した際、自警団をしている町娘アリシア・メルキオットと出会う。そして彼らは、偶発的にブルールで起きた帝国との戦闘に参加したことをきっかけに、自らも戦争へ参加することになる。武装中立国のガリア公国には国民皆兵制度という一種の徴兵制があり、有事の際にはガリアの15歳以上の民間人は必要に応じ徴兵され義勇軍が組織される。ブルールが帝国に占拠され、故郷からの脱出を与儀なくされたウェルキンは、アリシアと共にこの義勇軍に参加し、義勇軍第3中隊第7小隊長として、亡き父が遺した戦車・エーデルワイス号を駆り、祖国を守る戦いへと臨んでいく。