第一幕 舟岛
第二幕：蝉
第三幕：鮹
慶長十七年（一六一二）陰暦四月十三日正午。豊前国小倉沖の舟島。真昼の太陽が照り付けるなか、宮本武蔵と佐々木小次郎が、たがいにきびしく睨み合っている。小次郎は愛刀「物干し竿」を抜き放ち、武蔵は背に隠した木刀を深く構える。武蔵が不意に声をあげる。「この勝負、おぬしの負けと決まった」。約束の刻限から半日近くも待たされた小次郎の苛立ちは、すでに頂点に達していた。小次郎が動き、勝負は一撃で決まった。勝ったのは武蔵。検死役の藩医に「お手当を！」と叫び、疾風のごとく舟島を立ち去る武蔵。佐々木小次郎の「厳流」をとって、後に「厳流島の決闘」と呼ばれることになる世紀の大一番は、こうして一瞬のうちに終わり、そして・・・・・・物語はここから始まる。

因为偷税事件，曾经处于精英组的百合根友久（冈田将生 饰）被踢到早先成立的科学搜查班（ST）担任指挥官，通过之前的合作，虽然百合根始终未能完全接受青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）、山吹才藏（三宅弘城 饰）以及ST实际领导者赤城左门（藤原龙也 饰）这群怪人的行径，却也为他们自身那极度专业和见斥于周遭的气息所感染。百合根一面盼望早日回到搜查一课，一面又打算多守护ST的各位一段时间。随着作为后盾的三枝警官（渡部笃郎 饰）的离开和ST新任监查松户紫织（濑户朝香 饰）的到来，ST面临生死存亡的危机。赤门渐渐走出家门，百合根则成为遏止这头怪物不可或缺的重要存在……
本片根据今野敏的原作改编。