時に文化文政。巨大都市江戸。一見平和に見えるその裏で、人と鬼との激しい戦いが繰り広げられていた。 江戸の闇から魔を祓うために組織された特務機関“鬼御門”。 病葉出門は、そこで“鬼殺し”と怖れられる腕利きの魔事師だったが、 五年前のある事件を境にそれまでの一切を捨て、今では鶴屋南北一座に弟子入りしていた。 が、謎の女つばきとの出会いが、彼の運命を狂わせた。 なぜか鬼御門に追われるつばきは彼に「自分の過去を探してくれ」と頼む。 彼女の瞳の奥に宿る何物かに惹かれていく出門。 執拗につばきを追う鬼御門の先頭に、出門と兄弟同様に育った安倍邪空がいた。 鬼御門の頭領十三代目安倍晴明を奸計にはめて葬った邪空。 が、彼は更なる力を求めて、鬼を率いる美形の妖かし美惨と手を組み、彼らの前に立ちはだかる。 鬼の王“阿修羅”の悲しき因果に操られ、千年悲劇の幕が開く。 その先にあるのは、滅びか、救いかー。

“別れの手紙を握り締め、助太刀せんと走り出す。時は元禄、花吹雪。三百十余年、人から人へ語り継がれる物語。走る！ひた走る！！一目散に目指す。決闘！高田馬場” 　　『忠臣蔵』で後世に名を残すことになる中山（後の堀部）安兵衛が、おじの助太刀のために立ち上がり、決闘の地、高田馬場に駆けつけるまでを、2時間ノンストップで描く白熱の舞台！

戦い、未だ終わらず―――。新たなる七人の物語が、ここより始まる。時に天正十八年、戦国の雄―織田信長が逆臣の手にかかり、はや八年。天下統一は浪速の猿面冠者―豊臣秀吉の手でなされようとしていた。ただし、唯一関東を除いては。 関東の大平野に忽然とそびえる漆黒の城―――“髑髏城”。 黒甲冑の武装集団“関東髑髏党”の首魁は、自らを“天魔王”と名乗る仮面の魔人だった。 天下統一を狙う秀吉の最後にして最大の敵となった天魔王。そして風雲急を告げる関東荒野に、奇しき縁にあやつられ集まる者たちがいた。 髑髏党に追われる沙霧（鈴木杏）を行きがかりから助けた謎の牢人狸穴二郎衛門（ラサール石井）と玉ころがしの捨之介（市川染五郎）は“女を隠すには女の中”と色街無界の里へ向かう。 色街では無界屋の極楽太夫（高田聖子）をめぐって馴染み客の関八州荒武者隊を名乗る荒くれ者たち、こぶしの忠馬（佐藤アツヒロ）?水無月才蔵（川原和久）?小田切渡京（粟根まこと）が捨之介と小競り合いを繰り広げていた。仲裁に入った主人?無界屋蘭兵衛（池内博之）は昔馴染みの捨之介に気がつく。そこに沙霧を追う髑髏党の幹部?鋼の鬼龍丸（高杉亘）が居所を嗅ぎ付け無界屋に襲撃をかける。騒然となった無界屋に突然現れた天魔王により、捨之介と蘭兵衛たちの封印された過去が明らかになる。そして二人の過去を知る謎の刀鍛冶（三宅弘城）とともに捨之介たちは天魔王に立ち向かうべく髑髏城へと乗り込んでゆく。