时为公元2205年。
是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。
被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。
这是，他们以“某个本丸”为舞台，一心一意、开朗明快地生活的“花丸”日常物语——

文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。
作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。
刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。
与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。
刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵